大鼠的一些疾病可以影响一个以上的身体系统。这些情况也被称为全身性疾病或系统性疾病。下面列出了影响大鼠多个身体系统的疾病。
淋巴细胞性脉络膜炎病毒感染
这种病毒的感染偶尔发生在大鼠身上。大鼠可以在宠物店通过接触其他受感染的啮齿动物（小鼠、豚鼠或仓鼠）或接触野生啮齿动物（如家鼠）的尿液或粪便而被感染。感染是通过咳嗽、打喷嚏或直接接触受感染动物的尿液或唾液传播。大多数受感染的老鼠不会出现症状。然而，一些老鼠携带病毒并通过尿液大量脱落。目前还没有有效的治疗方法。受影响的动物应被安乐死，笼子应进行适当的卫生和消毒。
携带这种病毒的老鼠有可能将感染传给人类，从而引起严重疾病。它可能引起类似流感的症状或病毒性脑膜炎，这是一种大脑和脊髓的炎症。然而，由宠物啮齿动物引起的人类感染是罕见的。
帕瓦克病毒感染
这种病毒感染在作为宠物饲养的大鼠中并不常见。在感染的活跃阶段，受感染的老鼠会出现小产、死胎、不孕和流产。被感染的大鼠可能会出现致命的出血（流血），大脑和性腺的细胞死亡。所有的副病毒都具有高度传染性。通过直接接触受感染的尿液或粪便，或通过污染环境中的物品（如床上用品）进行传播。需要对笼子进行消毒以消除病毒。目前尚无治疗方法。
结节性多动脉炎
结节性多动脉炎涉及动脉壁的炎症，可影响许多器官。发病原因不明。患有结节性多动脉炎的大鼠可能会发生心脏病和动脉瘤。
沙门氏菌病
这种由沙门氏菌引起的疾病在宠物大鼠中并不常见。然而，怀孕的母鼠和婴儿鼠的感染风险更高。感染是通过食用被粪便污染的食物来传播的，并且通常与被野生啮齿动物污染的食物、水或床上用品有关。受感染的大鼠可能会出现腹部膨胀（肚皮）、腹泻、脱水、体重减轻、毛发粗糙、精神萎靡和突然死亡。怀孕的大鼠可能会发生流产。受感染的老鼠也可以将该疾病传染给人。目前还没有治疗方法。受感染的大鼠应被隔离，并对笼子进行卫生和消毒，以消除任何潜在的污染源。