深层真菌病是指损害皮肤、粘膜和内脏的真菌引起的感染。少数真菌具有感染性。
1．组织细胞浆菌病的病源是荚膜组织细胞浆菌，生长在土壤中，主要通过呼吸道感染。病沙皮狗主要表现为长期顽固性干咳和腹泻，不易治愈，无疾病排出。病犬厌食、消瘦、不规则发热、呕吐、皮炎，腹腔触诊常发现肿犬肠系膜淋巴结。慢性病例有时可见颊粘膜溃疡、扁桃体肿犬。临床上发现犬有难以治愈的干咳或腹泻时，应注意该病。如果条件允许，应使用美膜组织细胞浆菌素进行皮内实验，也可进行胸部X线透视、血清补体结合试验、琼脂扩散试验等诊断。两性霉素B对这种疾病有很好的疗效。总用量为4mg/kg，分为10次，每2天注射一次。临用前用注射水溶解，然后用葡萄糖盐水稀释成0.5%（mg）后静脉输液。总体重不得超过5mg/kg，否则会损害肾脏。克霉叶(抗真菌1号)对本病也有很好的疗效，剂量为0.75～1.5克，分两次口服。
2．球抱子菌病的病源是球抱子菌。主要通过呼吸道感染。病犬肺部、支气管或纵隔淋巴结发生肉芽肿，病犬体温升高、干咳、呼吸不畅、食欲不振、消瘦腹泻。当关节受损时，就会出现跛行和肌萎缩。该病在犬群中迅速传播。当狗出现异常症状时，应进一步拍摄胸部X线。如果条件允许，可以进行球抱子菌素皮内试验和血清补体试验。治疗方案同"组织胞浆菌病"。
3．芽生菌病的病源是皮炎芽生菌。该病可分为全身型和皮肤型。全身特别表现为肺部疾病，病犬精神沉默、发热、厌食、消瘦、干咳。病死犬剖检时，肺部各叶均有结节和脓肿，肺部呈灰白色或浅红色图案，并有局灶性或弥漫性硬变。坏死发生在肉芽肿结节的中心，但不钙化。当病变扩散到周围时，会使支气管和纵隔淋巴结肿胀、化脓，甚至引起胸膜炎。皮肤芽生菌病表现为单发性或窦汇区皮肤芽肿，最终在中心液化坏死和溃疡。胸部X线照片中看到的肺部无钙化结节或硬化，有利于本病的诊断。最好对皮肤结节进行活组织检查。从脓液、痰液中镜检查，发现单个或发芽的球形细胞，细胞壁厚，折射性（两层轮廓）。一旦疾病扩散，就很难治愈。两性霉素B可用于早期治疗。手术可以去除皮肤结节。
4．隐球菌病的病源是新型隐球菌。它存在于土壤中，可以从土壤、鸟粪、水果和乳汁中分离出来。狗的隐球菌病主要损害大脑、脑膜、鼻窦、肺、脾、肌肉、关节、皮肤等部位，导致狗运动障碍、循环运动、行为异常、破裂、感觉过敏和鼻漏。剖宫产时，鼻窦、鼻甲骨、鼻腔、脑有小化脓灶，脑膜有粘液脓性炎症。皮下肉芽肿可见于耳朵、眼睑和脚。在临床上发现病犬有不明原因的呼吸道和中枢系统症状时，应注意隐球菌病的概率。如果能进一步做病源检查、血清学试验和病理组织学检查，都有利于疾病的诊断。治疗方案同"组织胞浆菌病"。
5．孢子菌病源为申克氏抱子丝菌。经创伤感染。病变主要侵害皮肤，常发生在肢端，并沿淋巴管扩散，产生典型的带状肿胀。原发位置为坚实、无弹性、可移动、无压痛的结节或肉芽肿。结节脱落后，可以看到附着的渗出物，干燥后形成痴呆，有些结节可以形成脓肿，溃疡后形成溃疡。根据上述症状，可怀疑该病。为了诊断沙皮狗，可以在从未溃烂过的脓肿中使用病原体进行分离培养，如果分离到病原体，可以诊断出来。碘化物对本病有特效。碘化钾可口服，日量4.4mg/公斤体重。也可静脉输液碘化钠。口服灰黄霉素，剂量为20mg/kg体重·日，连续使用20mg/kg体重～3周。0.2%碘溶液(加2%碘化钾)可用于皮肤溃疡。局部涂敷5%～10%碘化钾软膏往往能获得良好的疗效。